يقوم تسلسل الإكسوم الكامل بفحص المنطقة المُرمِّزة بالكامل من الجينوم، حيث يُصمم لتحليل جميع المناطق المُرمِّزة (Exons) ونقاط الوصل (Splice Junctions) في الجينوم.

تتيح هذه التقنية الكشف عن التغيرات في المناطق المُرمِّزة للبروتين في جميع الجينات، بدلاً من التركيز على مجموعة محددة فقط. نظرًا لأن معظم الطفرات المُسببة للأمراض تحدث في الإكسونات، فإن تسلسل الإكسوم الكامل يُعدّ أداة أكثر فاعلية مقارنةً بتسلسل الجينوم الكامل في تحديد هذه الطفرات.

يمكن اعتباره خيارًا لبعض المرضى الذين لا تسمح مجموعة الأعراض لديهم بتحديد تشخيص دقيق أو نمط ظاهري لمرض جيني مُشتبه به.

خاصةً في الحالات التي قد يؤثر فيها تأخير التشخيص التفريقي بشكل كبير على جودة حياة المريض.

كما يُوصى به في بعض الحالات التي تؤدي فيها الاستراتيجيات التشخيصية المتدرجة إلى زيادة كبيرة في التكلفة والوقت.